ｷﾝｸﾞﾀﾞﾑﾊｰﾂﾊﾞｰｽﾊﾞｲｽﾘｰﾌﾟとｷﾝｸﾞﾀﾞﾑﾊｰﾂﾊﾞｰｽﾊﾞｲｽﾘｰﾌﾟﾌｧｲﾅﾙﾐｯｸｽは通信対戦できますか?

ｷﾝｸﾞﾀﾞﾑﾊｰﾂﾊﾞｰｽﾊﾞｲｽﾘｰﾌﾟとｷﾝｸﾞﾀﾞﾑﾊｰﾂﾊﾞｰｽﾊﾞｲｽﾘｰﾌﾟﾌｧｲﾅﾙﾐｯｸｽは通信対戦できますか?

できません。なぜならファイナルミックスには新しい要素が追加されていて、バースバイスリープと違うのでできません。

通常版とFM版では少し攻撃補正等が違うし、ミッションの数が全然違うので出来ません

残念ながら出来ません。